Le Réveil de XANA
Un soir qu'il cherchait des pièces pour bricoler ses robots, Jérémie Belpois s'introduisit dans l'usine et découvrit le complexe du Supercalculateur. Ignorant la portée de son geste, il ralluma la machine... Quand il ralluma le Supercalculateur, Lyoko se réanima et XANA avec ! Néanmoins, Jérémie fit immédiatement la connaissance d'Aelita, une intelligence artificielle, qui était complètement amnésique... Les deux adolescents explorèrent le monde virtuel, de l'intérieur et depuis les panneaux de contrôle, jusqu'à se rendre compte qu'une puissance obscure souhaitait se débarrasser d'eux. Pour lutter contre XANA Jérémie confia rapidement son secret à trois autres collégiens du Collège Kadic, non loin de l'usine ! Ce sont Yumi, Ulrich, Odd et Jérémie. Jérémie les virtualise tour à tour, à l'aide de scanners qui convertit leur enveloppe corporelle en données informatiques, aussitôt expédiées sur Lyoko... et les découvertes commencent !
Saison 1
Jusqu'à la fin de leur année de 5ème et durant la première moitié de leur année scolaire de 4ème (3ème pour Yumi), les jeunes héros combattent sans relâche XANA, contrant chacun de ses assauts. Ne pouvant pas laisser cette menace planer indéfiniment sur la Terre, Jérémie s'est lancé depuis quelque temps dans une initiative de taille : Trouver un programme pour matérialiser des particules et ainsi matérialiser son amie Aelita. Une fois l'humanoïde libérée du Supercalculteur et du monde virtuel, les adolescents pourraient alors éteindre le super-ordinateur et par la même occasion, désactiver XANA, le mettant hors d'état de nuire à jamais...
Saison 2
Le quatuor de collégiens n'en reste pas pour autant comblé d'accueillir parmi eux leur amie désormais presque-humaine toujours liée à XANA. Au collège, elle se fait passer pour la cousine d'Odd : Aelita Stones. Néanmoins la vie de la nouvelle Terrienne n'est pas de tout repos et elle est parfois sujette à des visions inquiétantes sur un passé qu'elle n'a jamais connu. Ces visions lui apparaissent souvent près d'un lieu particulier : l'Ermitage ; une maison abandonnée avec un passage secret menant à l'usine. Cette bâtisse vétuste appartint à un ancien professeur de Kadic : Franz Hopper. Dans les jours qui suivent, les héros découvrent le Cinquième Territoire, dont ils ignoraient l'existence. un nouveau monstre fait son apparition : la Méduse. Il semble être unique et n'a jamais pu être détruit. La particularité de ce monstre est qu'il n'a pas d'arme mais peut voler la mémoire d'Aelita. Ils l'ignorent encore mais si l'entreprise venait à réussir, XANA s'échapperait du Supercalculateur.
Saison 3
XANA a rejoint le réseau informatique mondial et envoie des monstres en masse dans une salle du 5ème Territoire dont les héros n'avaient jamais découvert l'entrée, dissimulée au pôle sud du globe de Carthage ! Des Mantas et des Rampants s'en prenant à une sphère ! Jérémie l'identifiera rapidement : il s'agit du Cœur de Lyoko. C'est lui seul qui gère tout le monde virtuel, sa destruction signifierait donc la fin de Lyoko ! XANA tentera parfois de s'en prendre directement au Supercalculateur, par l'intermédiaire des personnes qu'il xanatifie. Électrocution de la machine, dynamitage de l'usine, sabotage des circuits internes ; la fin justifie les moyens ! Heureusement, les retours vers le passé permettront toujours à Jérémie de réparer les dommages subis par le Supercalculateur... XANA emploie donc une troisième méthode : la destruction des Territoires de Surface grâce au Code XANA ! Néanmoins, pour ce faire, XANA requiert Aelita... C'est donc la Méduse qui refera apparition à chaque occasion pour insuffler à Aelita un virus créant des effets similaires à ceux d'une xanatification : méthode sûre pour s'assurer l'entière "coopération" de la jeune fille aux cheveux roses. Face à une telle situation de crise, William finit par être recruté
Saison 4
Qu'est-il advenu de William ? On n'en sait strictement rien.
Il ne s'est écoulé qu'une semaine depuis la fin de la saison 3 et pourtant les nouveautés sont déjà effectives : Jérémie et Aelita ont bien réceptionné le mail de Franz Hopper, l'ont décrypté et ont exploité son contenu : Il s'agit de données visant à les aider à recréer Lyoko et de partir en quête de William, disparut sous le controle de XANA ! William réaparait mais enleve Aelita, Apparaissant sur Lyoko dans une nouvelle tenue noire aux hérauts de XANA, il place Aelita sous le contrôle d'une fumée noire et se dirige vers la mer numérique. William est définitivement sous contrôle de XANA, sur Terre comme sur Lyoko, le souci de l'absence de William survient de nouveau et les excuses bidonnes à fournir au proviseur finissent par manquer de crédibilité. Aussi, Jérémie trouve une solution : Créer une Réplique de William ! D'autre part, c'est la traque de XANA dans le réseau qui monopolise l'attention des héros. Un Réplika. Ces Réplikas sont en réalité des copies de Lyoko. Ils sont plusieurs dans la Mer Numérique et chacun est un petit monde virtuel à part entière. Ils sont moins complets que Lyoko puisque chaque Réplika ne comporte qu'un Territoire. Jérémie comprend rapidement que derrière chaque Réplika découvert, il se cache un Supercalculateur que XANA a infecté en se propageant dans le réseau mondial.
Evolution (Saison 5)
La première chose confirmée est le retour de XANA, mentionné jusque dans le synopsis de Code Lyokô Evolution publié par France 4 :« XANA, l'intelligence artificielle qui veut asservir le réseau numérique mondial, a réussi à renaître de ses cendres. »